Η εποχή Μαρκόπουλου στον Άρη έληξε άδοξα. Ο πολύπειρος τεχνικός υπέβαλε την παραίτησή του στη διοίκηση της ΚΑΕ, η οποία έγινε αποδεκτή. Όπως αναφέρει η σχετική ανακοίνωση:

"Ο Σούλης Μαρκόπουλος υπέβαλε σήμερα (09/12) στον Πρόεδρο και Διευθύνοντα Σύμβουλο της Κ.Α.Ε. Άρης, Χάρη Παπαγεωργίου, την παραίτησή του από την τεχνική ηγεσία της ομάδας, η οποία έγινε δεκτή σε συνεννόηση με τον μεγαλομέτοχο της Κ.Α.Ε., Δημήτρη Γουλιέλμο. Η Κ.Α.Ε. Άρης ευχαριστεί τον κ. Μαρκόπουλο για την προσφορά του και του εύχεται καλή επιτυχία στη συνέχεια της καριέρας του".

Η παραίτηση Μαρκόπουλου ήταν λίγο πολύ αναμενόμενη, καθώς ήταν προφανές πως δεν μπορούσε να συνεχίσει υπό τις δυσμενέστατες συνθήκες που έχουν διαμορφωθεί. Ο βετεράνος κόουτς ανέλαβε την ομάδα ελπίζοντας πως η διοίκηση Γουλιέλμου θα τηρούσε τις δεσμεύσεις της σε οικονομικό και αγωνιστικό επίπεδο, αλλά οι προσδοκίες του διαψεύστηκαν και η αποχώρηση ήταν απλώς ζήτημα χρόνου.