Μόλις λίγες ημέρες μετά την άφιξη του πρώτου συρμού στο αμαξοστάσιο της Πυλαίας, σημειώθηκε και ο πρώτος βανδαλισμός, όταν άγνωστοι δημιούργησαν γκράφιτι σε δύο από τα τέσσερα βαγόνια. Εκ του αποτελέσματος αποδείχθηκε ότι η φύλαξη ήταν ελλιπής και σύμφωνα με τηλεγράφημα του ΑΠΕ/ΜΠΕ, "πρόταση να εξοπλιστεί το αμαξοστάσιο του μετρό της Πυλαίας με εσωτερικό κύκλωμα και κάμερες για την ακόμη πιο στενή παρακολούθηση του χώρου και καταγραφή των “ ύποπτων” κινήσεων που μπορεί να σημειωθούν, πρόκειται να καταθέσει ο πρόεδρος της Αττικό Μετρό, Γιάννης Μυλόπουλος". "Δυστυχώς", όπως εξήγησε ο κ. Μυλόπουλος, παρά τον διπλασιασμό των μέτρων ασφαλείας άγνωστοι εισήλθαν τα ξημερώματα στο χώρο και πρόλαβαν να ζωγραφίσουν γκράφιτι στη μία πλευρά των δύο βαγονιών, από τα τέσσερα, του συρμού, που μόλις την περασμένη Πέμπτη, μπήκε στις ράγες. "Από την Παρασκευή 17/5 το πρωί είχαμε τοποθετήσει τέσσερις φύλακες στο αμαξοστάσιο της Πυλαίας και έτσι αποφεύχθηκε το χειρότερο", είπε ο κ. Μυλόπουλος και πρόσθεσε πως "ήταν δύσκολο να βρούμε τα υλικά για τον καθαρισμό των βαγονιών, αλλά τα βρήκαμε. Αύριο το πρωί (σ.σ. σήμερα) θα ξεκινήσουμε τον καθαρισμό". Υπογραμμίζεται ότι οι άνδρες της ασφάλειας, μόλις αντιλήφθηκαν τους αγνώστους, αυτοί τράπηκαν σε φυγή.