ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗ

DNA Sequence: Ένα «CSI» για... τα μικρόβια, στη Θεσσαλονίκη

Η start up από τη Θεσσαλονίκη εντοπίζει και ταυτοποιεί κάθε ίχνος DNA, με εφαρμογές από ΜΕΘ, ξενοδοχεία και μετρό, μέχρι αγροτικές καλλιέργειες και αρχαιολογικές ανασκαφές

 19/01/2023 12:00

DNA Sequence: Ένα «CSI» για... τα μικρόβια, στη Θεσσαλονίκη

Σοφία Χριστοφορίδου

Ένα “CSI” του αθέατου κόσμου των μικροβίων λειτουργεί στη Θεσσαλονίκη, εντοπίζοντας κάθε ίχνος DNA στο χώρο και χαρτογραφώντας το μικροβίωμα σε κάθε επιφάνεια, τρόφιμο ή στον αέρα που αναπνέουμε

Πρόκειται για την start up βιοτεχνολογίας DNA Sequence, μία από τις ελάχιστες εταιρείες στην Ευρώπη που δραστηριοποιούνται στον τομέα της βιοασφάλειας και βιοπαρακολούθησης, η οποία μάλιστα πρόσφατα αναδείχθηκε ως κορυφαία ανάμεσα στους 10 σημαντικότερους παρόχους υπηρεσιών γονιδιωματικής στην Ευρώπη και το Ηνωμένο Βασίλειο από την επιστημονική επιθεώρηση Life Sciences Review Europe.

Η εταιρεία ιδρύθηκε λίγο πριν το ξέσπασμα της πανδημίας από τους Καθ. Χρήστο Ουζούνη, Αντώνη Σαλακίδη και Χρήστο Καραπιπέρη και μέσα σε τρία χρόνια έφτασε να απασχολεί 23 άτομα, που σχεδόν στο σύνολό τους είναι επιστήμονες και ερευνητές, που εργάζονται στα εργαστήρια και το τμήμα βιοπληροφορικής ανάλυσης της εταιρείας στη Θέρμη.

Από το μικροσκόπιο στην τεχνητή νοημοσύνη

«Όταν μιλούσαμε για βιοασφάλεια μας κοιτούσαν σαν... εξωγήινους» θυμάται η αντιπρόεδρος της DNA Sequence Δρ. Αναστασία Χασάπη. «Πλέον όλα έχουν αλλάξει, ο κόσμος είναι πιο υποψιασμένος και πιο απαιτητικός ως προς την ασφάλειά του. Η έννοια της βιοασφάλειας, της προστασίας δηλαδή από μικρόβια και ιούς, δεν χρησιμοποιείται μόνο σε δομές υγείας και στη βιομηχανία των τροφίμων αλλά σχεδόν παντού όπου υπάρχει συγκέντρωση κόσμου».

xasapi-anastasia-4pvZW.JPG
H αντιπρόεδρος της DNA Sequence Δρ. Αναστασία Χασάπη


Μέχρι πρότινος η παραδοσιακή μέθοδος για την ανίχνευση παθογόνων ήταν με καλλιέργεια υλικού και έλεγχο στο μικροσκόπιο. Στην πορεία ήρθε το PCR τεστ με το οποίο απομονώνεται γενετικό υλικό και ελέγχεται αν ανήκει σε έναν συγκεκριμένο μικροοργανισμό. Η πιο σύγχρονη τεχνολογία είναι αυτή της μεταγονιδιωματικής που ανιχνεύει το σύνολο του γενετικού υλικού. Ακολουθεί μια διαδικασία αποκωδικοποίησης των «γραμμάτων» του DNA (αδενίνη, γουανίνη, κυτοσίνη, θυμίνη) ή αλληλούχισης όπως είναι ο επιστημονικός όρος. Με τη χρήση βιοπληροφορικής και τεχνητής νοημοσύνης κάθε τμήμα DNA αντιστοιχίζεται στον μικροοργανισμό στον οποίο ανήκει. Αυτή τη μέθοδο χρησιμοποιεί η DNA Sequence για να ταυτοποιήσει το σύνολο των μικροβίων και ιών που υπάρχουν σε ένα περιβάλλον και μάλιστα είναι από τις ελάχιστες - αν όχι η μοναδική- στην Ευρώπη που παρέχει ολοκληρωμένες λύσεις, από τη στρατηγική δειγματοληψίας μέχρι την βιοπληροφορική ανάλυση, την ερμηνεία των αποτελεσμάτων και, στην περίπτωση της βιοασφάλειας, τις λύσεις αντιμετώπισης.

Σε ΜΕΘ, μετρό, έδαφος και νερό

Στα τρία χρόνια λειτουργίας της η start up από τη Θεσσαλονίκη έχει βραβευτεί από την Ελληνική Αναπτυξιακή Τράπεζα, στηρίζεται από το Υπ. Ανάπτυξης και το Elevate Greece και έχει προχωρήσει σε πολυάριθμες συνεργασίες σε όλη την Ελλάδα - πλην Θεσσαλονίκης, επιβεβαιώνοντας το ρητό «ουδείς προφήτης στον τόπο του»- αλλά και στο εξωτερικό.

Μεταξύ άλλων συνεργάστηκε με το Ναυτικό Νοσοκομείο για τη μικροβιακή καταγραφή σε συγκεκριμένους χώρους και με την Ιατρική Αθηνών και τους καθηγητές Α. Κοτανίδου και Γκ. Μαγιορκίνη, για την χαρτογράφηση των στελεχών που προκαλούν ενδονοσοκομειακές λοιμώξεις στο νοσοκομείο Ευαγγελισμός. Επίσης παρείχε υπηρεσίες στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη για τον έλεγχο πυροσβεστικών σταθμών στην Αττική, στην ΣΤΑΣΥ για τον έλεγχο της ποιότητας του αέρα στο μετρό της Αθήνας, στην Lamda Developement, την Intrakat, σε δεκάδες ξενοδοχειακές μονάδες, χώρους εστίασης, παιδότοπους και χώρους ψυχαγωγίας, χαμάμ και καταδυτικά κέντρα, αλλά και στην αλυσίδα παραγωγής τροφίμων.

Πιο πρόσφατη συνεργασία της DNA Sequence είναι με την ΕΥΔΑΠ, για την παρακολούθηση των υδάτων και συγκεκριμένα για την ανίχνευση κολιφάγων ιών, με βάση και τους νέους πιο αυστηρούς όρους που έθεσε η Κομισιόν και πρέπει να ενσωματωθούν από φέτος και το ελληνικό δίκαιο.

Πέρα από την βιοασφάλεια η start up από τη Θεσσαλονίκη δραστηριοποιείται και στην ταυτοποίηση φυτικών ποικιλιών όπως συγκεκριμένων ποικιλιών αμπέλου που πραγματοποιείται σε συνεργασία το Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο, ενώ έχει υπογράψει και σύμφωνο συνεργασίας με τον ΕΛΓΟ.

Μια άλλη εφαρμογή, για την οποία η εταιρεία είναι σε συζητήσεις, αφορά στον έλεγχο του εδάφους σε μέρη που έχουν υποστεί πυρκαγιά, για την αξιολόγηση της γονιμότητας του εδάφους, γιατί «αν καταστραφεί και το υγιές εδαφικό μικροβίωμα, κάθε προσπάθεια αναδάσωσης θα είναι άκαρπη».

Μικρόβια και… πολιτισμός

Καθώς τα μικρόβια και οι ιοί υπάρχουν παντού γύρω μας, η ανίχνευση και ταυτοποίηση τους μπορεί να φανεί χρήσιμη και σε τομείς που δεν θα περίμενε κανείς, όπως τα έργα τέχνης και τα αρχαιολογικά ευρήματα.

Η DNA Sequence έχει ήδη προσφέρει τις υπηρεσίες της στην Εθνική Πινακοθήκη, προκειμένου να εντοπιστεί το μικροβιακό προφίλ πινάκων και να αξιολογηθεί αν τα έργα είναι ασφαλή από βιοαλλοιώσεις. Αντίστοιχη εφαρμογή ταυτοποίησης έγινε στο Ευπαλίνειο όρυγμα στη Σάμο, όπου όταν τοποθετήθηκε τεχνητός φωτισμός για να είναι επισκέψιμο, αναπτύχθηκαν πολύχρωμες αποικίες μικροοργανισμών που χρειαζόταν φως για αναπτυχθούν.

Ίσως πιο εντυπωσιακή συνεργασία της DNA Sequence στον τομέα του πολιτισμού είναι στην ανασκαφή της αρχαιολόγου και διευθύντριας του Ελληνικού Ινστιτούτου Έρευνας Αλεξανδρινού Πολιτισμού Καλλιόπης Παπακώστα στους κήπους Σαλαλάτ. «Κατά τη διάρκεια της ανασκαφής αναλύουμε δείγματα εδάφους. Ίσως το γονιδίωμα δώσει στοιχεία για εκείνη την εποχή π.χ. για μια ασθένεια» εξηγεί η κ. Χασάπη.

Η τουαλέτα το πιο… ασφαλές μέρος

Στους χώρους τους οποίους ελέγχει, η DNA Sequence χαρτογραφεί την ταυτότητα, καταγράφοντας αν υπάρχουν στοιχεία υψηλής παθογονικότητας και πιστοποιώντας ότι η απολύμανση γίνεται σωστά. Ποιο είναι το πιο καθαρό και ασφαλές μέρος στους χώρους εστίασης και φιλοξενίας που ελέγχει η εταιρεία; «Η τουαλέτα, γιατί εκεί δίνεται μεγαλύτερη προσοχή στην απολύμανση, σε αντίθεση με το κουμπί του ανελκυστήρα, για παράδειγμα, ή το πόμολο της πόρτας στα οποία συχνά δεν περιλαμβάνεται στους τακτικούς καθαρισμούς» απαντά η δρ. Χασάπη. Όπως λέει η ίδια ο άνθρωπος προφανώς και συνυπάρχει με τα μικρόβια, το ζήτημα είναι να εντοπιστούν εστίες παθογόνων και να γίνει όσο το δυνατόν καλύτερη διαχείριση.

Ένα “CSI” του αθέατου κόσμου των μικροβίων λειτουργεί στη Θεσσαλονίκη, εντοπίζοντας κάθε ίχνος DNA στο χώρο και χαρτογραφώντας το μικροβίωμα σε κάθε επιφάνεια, τρόφιμο ή στον αέρα που αναπνέουμε

Πρόκειται για την start up βιοτεχνολογίας DNA Sequence, μία από τις ελάχιστες εταιρείες στην Ευρώπη που δραστηριοποιούνται στον τομέα της βιοασφάλειας και βιοπαρακολούθησης, η οποία μάλιστα πρόσφατα αναδείχθηκε ως κορυφαία ανάμεσα στους 10 σημαντικότερους παρόχους υπηρεσιών γονιδιωματικής στην Ευρώπη και το Ηνωμένο Βασίλειο από την επιστημονική επιθεώρηση Life Sciences Review Europe.

Η εταιρεία ιδρύθηκε λίγο πριν το ξέσπασμα της πανδημίας από τους Καθ. Χρήστο Ουζούνη, Αντώνη Σαλακίδη και Χρήστο Καραπιπέρη και μέσα σε τρία χρόνια έφτασε να απασχολεί 23 άτομα, που σχεδόν στο σύνολό τους είναι επιστήμονες και ερευνητές, που εργάζονται στα εργαστήρια και το τμήμα βιοπληροφορικής ανάλυσης της εταιρείας στη Θέρμη.

Από το μικροσκόπιο στην τεχνητή νοημοσύνη

«Όταν μιλούσαμε για βιοασφάλεια μας κοιτούσαν σαν... εξωγήινους» θυμάται η αντιπρόεδρος της DNA Sequence Δρ. Αναστασία Χασάπη. «Πλέον όλα έχουν αλλάξει, ο κόσμος είναι πιο υποψιασμένος και πιο απαιτητικός ως προς την ασφάλειά του. Η έννοια της βιοασφάλειας, της προστασίας δηλαδή από μικρόβια και ιούς, δεν χρησιμοποιείται μόνο σε δομές υγείας και στη βιομηχανία των τροφίμων αλλά σχεδόν παντού όπου υπάρχει συγκέντρωση κόσμου».

xasapi-anastasia-4pvZW.JPG
H αντιπρόεδρος της DNA Sequence Δρ. Αναστασία Χασάπη


Μέχρι πρότινος η παραδοσιακή μέθοδος για την ανίχνευση παθογόνων ήταν με καλλιέργεια υλικού και έλεγχο στο μικροσκόπιο. Στην πορεία ήρθε το PCR τεστ με το οποίο απομονώνεται γενετικό υλικό και ελέγχεται αν ανήκει σε έναν συγκεκριμένο μικροοργανισμό. Η πιο σύγχρονη τεχνολογία είναι αυτή της μεταγονιδιωματικής που ανιχνεύει το σύνολο του γενετικού υλικού. Ακολουθεί μια διαδικασία αποκωδικοποίησης των «γραμμάτων» του DNA (αδενίνη, γουανίνη, κυτοσίνη, θυμίνη) ή αλληλούχισης όπως είναι ο επιστημονικός όρος. Με τη χρήση βιοπληροφορικής και τεχνητής νοημοσύνης κάθε τμήμα DNA αντιστοιχίζεται στον μικροοργανισμό στον οποίο ανήκει. Αυτή τη μέθοδο χρησιμοποιεί η DNA Sequence για να ταυτοποιήσει το σύνολο των μικροβίων και ιών που υπάρχουν σε ένα περιβάλλον και μάλιστα είναι από τις ελάχιστες - αν όχι η μοναδική- στην Ευρώπη που παρέχει ολοκληρωμένες λύσεις, από τη στρατηγική δειγματοληψίας μέχρι την βιοπληροφορική ανάλυση, την ερμηνεία των αποτελεσμάτων και, στην περίπτωση της βιοασφάλειας, τις λύσεις αντιμετώπισης.

Σε ΜΕΘ, μετρό, έδαφος και νερό

Στα τρία χρόνια λειτουργίας της η start up από τη Θεσσαλονίκη έχει βραβευτεί από την Ελληνική Αναπτυξιακή Τράπεζα, στηρίζεται από το Υπ. Ανάπτυξης και το Elevate Greece και έχει προχωρήσει σε πολυάριθμες συνεργασίες σε όλη την Ελλάδα - πλην Θεσσαλονίκης, επιβεβαιώνοντας το ρητό «ουδείς προφήτης στον τόπο του»- αλλά και στο εξωτερικό.

Μεταξύ άλλων συνεργάστηκε με το Ναυτικό Νοσοκομείο για τη μικροβιακή καταγραφή σε συγκεκριμένους χώρους και με την Ιατρική Αθηνών και τους καθηγητές Α. Κοτανίδου και Γκ. Μαγιορκίνη, για την χαρτογράφηση των στελεχών που προκαλούν ενδονοσοκομειακές λοιμώξεις στο νοσοκομείο Ευαγγελισμός. Επίσης παρείχε υπηρεσίες στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη για τον έλεγχο πυροσβεστικών σταθμών στην Αττική, στην ΣΤΑΣΥ για τον έλεγχο της ποιότητας του αέρα στο μετρό της Αθήνας, στην Lamda Developement, την Intrakat, σε δεκάδες ξενοδοχειακές μονάδες, χώρους εστίασης, παιδότοπους και χώρους ψυχαγωγίας, χαμάμ και καταδυτικά κέντρα, αλλά και στην αλυσίδα παραγωγής τροφίμων.

Πιο πρόσφατη συνεργασία της DNA Sequence είναι με την ΕΥΔΑΠ, για την παρακολούθηση των υδάτων και συγκεκριμένα για την ανίχνευση κολιφάγων ιών, με βάση και τους νέους πιο αυστηρούς όρους που έθεσε η Κομισιόν και πρέπει να ενσωματωθούν από φέτος και το ελληνικό δίκαιο.

Πέρα από την βιοασφάλεια η start up από τη Θεσσαλονίκη δραστηριοποιείται και στην ταυτοποίηση φυτικών ποικιλιών όπως συγκεκριμένων ποικιλιών αμπέλου που πραγματοποιείται σε συνεργασία το Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο, ενώ έχει υπογράψει και σύμφωνο συνεργασίας με τον ΕΛΓΟ.

Μια άλλη εφαρμογή, για την οποία η εταιρεία είναι σε συζητήσεις, αφορά στον έλεγχο του εδάφους σε μέρη που έχουν υποστεί πυρκαγιά, για την αξιολόγηση της γονιμότητας του εδάφους, γιατί «αν καταστραφεί και το υγιές εδαφικό μικροβίωμα, κάθε προσπάθεια αναδάσωσης θα είναι άκαρπη».

Μικρόβια και… πολιτισμός

Καθώς τα μικρόβια και οι ιοί υπάρχουν παντού γύρω μας, η ανίχνευση και ταυτοποίηση τους μπορεί να φανεί χρήσιμη και σε τομείς που δεν θα περίμενε κανείς, όπως τα έργα τέχνης και τα αρχαιολογικά ευρήματα.

Η DNA Sequence έχει ήδη προσφέρει τις υπηρεσίες της στην Εθνική Πινακοθήκη, προκειμένου να εντοπιστεί το μικροβιακό προφίλ πινάκων και να αξιολογηθεί αν τα έργα είναι ασφαλή από βιοαλλοιώσεις. Αντίστοιχη εφαρμογή ταυτοποίησης έγινε στο Ευπαλίνειο όρυγμα στη Σάμο, όπου όταν τοποθετήθηκε τεχνητός φωτισμός για να είναι επισκέψιμο, αναπτύχθηκαν πολύχρωμες αποικίες μικροοργανισμών που χρειαζόταν φως για αναπτυχθούν.

Ίσως πιο εντυπωσιακή συνεργασία της DNA Sequence στον τομέα του πολιτισμού είναι στην ανασκαφή της αρχαιολόγου και διευθύντριας του Ελληνικού Ινστιτούτου Έρευνας Αλεξανδρινού Πολιτισμού Καλλιόπης Παπακώστα στους κήπους Σαλαλάτ. «Κατά τη διάρκεια της ανασκαφής αναλύουμε δείγματα εδάφους. Ίσως το γονιδίωμα δώσει στοιχεία για εκείνη την εποχή π.χ. για μια ασθένεια» εξηγεί η κ. Χασάπη.

Η τουαλέτα το πιο… ασφαλές μέρος

Στους χώρους τους οποίους ελέγχει, η DNA Sequence χαρτογραφεί την ταυτότητα, καταγράφοντας αν υπάρχουν στοιχεία υψηλής παθογονικότητας και πιστοποιώντας ότι η απολύμανση γίνεται σωστά. Ποιο είναι το πιο καθαρό και ασφαλές μέρος στους χώρους εστίασης και φιλοξενίας που ελέγχει η εταιρεία; «Η τουαλέτα, γιατί εκεί δίνεται μεγαλύτερη προσοχή στην απολύμανση, σε αντίθεση με το κουμπί του ανελκυστήρα, για παράδειγμα, ή το πόμολο της πόρτας στα οποία συχνά δεν περιλαμβάνεται στους τακτικούς καθαρισμούς» απαντά η δρ. Χασάπη. Όπως λέει η ίδια ο άνθρωπος προφανώς και συνυπάρχει με τα μικρόβια, το ζήτημα είναι να εντοπιστούν εστίες παθογόνων και να γίνει όσο το δυνατόν καλύτερη διαχείριση.

ΣΧΟΛΙΑ

Επιλέξτε Κατηγορία