Η ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας αποφάσισε, όπως έγινε γνωστό, σε διάσκεψη (“κεκλεισμένων των θυρών”) να στείλει στο Δικαστήριο Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων (ΔΕΚ) ερωτήματα για το αν συγκρούεται ή όχι η ελληνική νομοθεσία με κοινοτικές οδηγίες που αφορούν την εκμετάλλευση και την προστασία των υδάτινων πόρων και αποθεμάτων, την κατασκευή έργων σε προστατευόμενες περιοχές από διεθνείς συμβάσεις (Νatura) κτλ.

Ειδικότερα αποφασίστηκε η αποστολή ερωτημάτων στο ΔΕΚ για το αν παραβιάζονται οι διατάξεις της οδηγίας 200/60/ΕΚ που αφορά την αξιοποίηση των υδατικών αποθεμάτων με το νόμο 3481/2006, ο οποίος κύρωσε ορισμένα άρθρα της οδηγίας αυτής και αν μπορεί να γίνει η εκτροπή του Αχελώου χωρίς τον προβλεπόμενο από την ευρωπαϊκή νομοθεσία στρατηγικό σχεδιασμό για τις επιπτώσεις του έργου στο περιβάλλον της ευρύτερης περιοχής που θεσσαλικού κάμπου. Επίσης, ρωτούν αν μπορεί να προχωρήσει η εκτροπή χωρίς να έχει προηγηθεί δημόσια διαβούλευση, όπως απαιτούν οι κοινοτικές οδηγίες.

Η αποστολή των ερωτημάτων στο ΔΕΚ προβλέπεται ότι θα γίνει τον ερχόμενο Νοέμβριο. Όταν υπάρξουν απαντήσεις, θα συνεδριάσει η ολομέλεια του ΣτΕ, για να κρίνει οριστικά την υπόθεση-σίριαλ της εκτροπής του Αχελώου.

Η ολομέλεια του ανωτάτου ακυρωτικού δικαστηρίου έχει ακυρώσει τρεις φορές τις υπουργικές αποφάσεις για την εκτροπή του Αχελώου (το 1994, το 2000 και το 2005).

Στο ΣτΕ έχουν προσφύγει η νομαρχιακή αυτοδιοίκηση Αιτωλοακαρνανίας, οι δήμοι Αγρινίου, Μεσολογγίου, Αιτωλικού, Ινάχου και Οινιάδων, το Εμπορικό και Βιομηχανικό Επιμελητήριο Αιτωλοακαρνανίας, η Ένωση Αγροτικών Συνεταιρισμών Αγροτών και οικολογικές οργανώσεις. Με την προσφυγή ζητείται να ακυρωθεί η έγκριση περιβαλλοντικών όρων που έγινε με τον επίμαχο νόμο, καθώς και η απόφαση του ΥΠΕΧΩΔΕ, με την οποία ανατέθηκε στην εταιρεία “Μηχανική” η αποπεράτωση του υδροηλεκτρικού φράγματος της Συκιάς.

Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι η ψήφιση του επίμαχου νόμου δίνει “νομοθετικό μανδύα” στην έγκριση περιβαλλοντικών όρων, ώστε να μην μπορεί να ελεγχθεί η συνταγματικότητά του από τα δικαστήρια. Το καλοκαίρι του 2006 η ολομέλεια του ΣτΕ μπλόκαρε για δεύτερη φορά τα έργα της εκτροπής του Αχελώου στο σύνολό τους, ακυρώνοντας τη σχετική υπουργική απόφαση του 2005, λόγω έλλειψης περιβαλλοντικών όρων, και απαιτώντας από τη διοίκηση συνολική μελέτη διαχείρισης των υδάτινων πόρων της περιοχής, όπως προβλέπει η νομοθεσία. Τον Απρίλιο του 2006 το Δ' τμήμα του ΣτΕ ακύρωσε τη σύμβαση που είχε υπογράψει στις 16/5/2005 ο υπουργός ΠΕΧΩΔΕ με τη “Μηχανική” για την αποπεράτωση του υδροηλεκτρικού φράγματος της Συκιάς, συνολικού προϋπολογισμού 170 εκατ. ευρώ, που αποτελεί τμήμα της εκτροπής του Αχελώου.